1605 - 29 marca na rozkaz cesarza przyznano minorytom własność, której się domagali, z wyjątkiem folwarku. Z wielkiego kościoła pozostał jednak tylko chór i prezbiterium, a z klasztoru prawie nic. Dlatego w roku 1612 i w latach następnych zbudowano nowy mały klasztor i jedną nową wieżę przy kościele. Ówczesny gwardian, Hieronim Schidlovius, osobiście pracował przy tej budowie.

1612 - rada Kłodzka urządziła na terenie cmentarza szpital dla zakaźnie chorych.

1618 - 9 czerwca protestanci wypędzili z miasta jezuitów, którzy działali w Kłodzku od 1590 r.

1619 - w klasztorze przebywał tylko jeden minoryta, gwardian Stanisław Thiel, który w styczniu 1619 r. zachorował. 13.01.1619 - za sprawą katolickiego radnego Kłodzka, Hansa Hanischa, przybyli z Wrocławia dwaj bracia tego zakonu: O. Vitalis i brat Egidiusz, aby odwiedzić chorego, a w przypadku jego śmierci przejąć klasztor. Jednak następnego dnia rano niekatolicka ludność Kłodzka zdewastowała kościół: stłuczono szyby i dokonano innych zniszczeń. Ten incydent zmusił obu przybyszy do opuszczenia klasztoru i Kłodzka. Kiedy wkrótce po tym wydarzeniu, 20.01.1619 r. gwardian Thiel zmarł, kościół i klasztor zostały przywłaszczone przez kapitana Jana Jerzego von Semlinga, komendanta Kłodzka, który rozkazał wszystko z wnętrza wyrzucić i chciał w tych budynkach urządzić karczmę. Jednak 18.09.1619 r. miasto odkupiło od niego budynek klasztoru wraz z lasem. Za sprawą Rady Miejskiej Kłodzka, pastor Matthias Keil poświęcił kościół w obrządku luterańskim. Otrzymał on nazwę Najświętszego Zbawiciela. Pastor Keil wygłosił tam w dniu św. Andrzeja 1619 r. kazanie. Tego samego roku, w budynku klasztoru Rada Miasta urządziła szkołę niemiecką, w której zaangażowano osobnego nauczyciela; ponadto zorganizowano tam drukarnię. Działalność ta zakończyła się w 1622 r., podczas oblężenia Kłodzka przez wojska cesarza Ferdynanda II. Przy tej okazji uszkodzono znacznie kościół i klasztor, a szpital na cmentarzu został całkowicie zniszczony. Krótko po zdobyciu Kłodzka przez wojska cesarskie, miasto musiało na jego rozkaz oddać ojcom minorytom klasztor wraz z przyległościami. Posiadłość objął gwardian Jan Eising w 1624 r.

1624 - 10 listopada pracownicy magistratu opuścili budynek kościoła klasztornego, natomiast 4 grudnia poświęcono go znowu, by sprawować w nim katolickie nabożeństwa. Fabian Krause, opat Kamieńca, głosił tam swe pierwsze kazanie. Następnie dziekan Hieronim Keck, ówczesny administrator probostwa w Kłodzku odprawił w tym kościele nabożeństwo. Sprawowano tam chrzty i inne sakramenty do czasu poświęcenia właściwego kościoła parafialnego.

Przed 1628 - rozpoczęcie budowy obecnego kościoła.

1678 - gwardian Ambroży Braun zaczął budowę obecnego klasztoru, kontynuowaną przez gwardiana Euzebiusza Justa.

1701 - gwardianem klasztoru został o. Modest Hankę.

1702 - 14 lipca podczas dużej powodzi woda sięgała w tym kościele do naczynia z wodą święconą.

1710 - 14  stycznia poświęcono pierwszą część nowozbudowanego kościoła, mianowicie prezbiterium i dwie kaplice boczne, ufundowane przez Eliasza Schreibera, dziekana Hrabstwa, natomiast w 1711 r., za gwardianatu Ezechiasza Schmidta, zakończono budowę nowego kościoła z 9 ołtarzami. Jest to smukła, trzynawowa bazylika z emporami, przykryta sklepieniem kolebkowym, z lunetami. Nawy boczne zastępuje rząd kaplic, połączonych wąskimi przejściami w pseudonawy. Nad nimi znajdują się empory, zamknięte półkoliście. Nawę środkową zamyka wysoka, półkolista apsyda. Kościół pokrywa dwuspadowy dach. Zwraca uwagę okazała elewacja frontonu, dwuwieżowa, ze skośnym szczytem wolutowym między nimi. Wieże zakończone są barokowymi hełmami z prześwitem. Wnętrze skromne, głów  nie neorenesansowe i eklektyczne pochodzi z XIX wieku, natomiast prospekt organowy późnobarokowy z końca XVIII wieku oraz figury w niszach elewacji również z XVIII wieku.

1714 - z powodu epidemii dżumy w Kłodzku, 10 listopada zamknięto na pewien czas kościół.

W tym właśnie czasie Karl Bohm podarował swój folwark przy mieście klasztorowi pod warunkiem, aby bracia po jego śmierci, codziennie (z wyjątkiem niedziel i świąt) odprawiali dwie msze święte za niego i za duszę żony, Justyny Reginy.

strona 4